No es que no funcionen. Es que si un usuario se le pone un primer nivel asignado manualmente, despues ya no va a subir o cambiar mas de nivel, siempre se quedará en el manual.
Por ejemplo yo llevo este nivel moderadora que ver, sería cosa rara y extraña que conforme subiera de mensajes, en vez de moderadora me fuera cambiando el nombre a "usuario experto, superusuario", o lo que hubiera estipulado, ¿verdad? Lo correcto es que siempre me quede de "moderadora" que es el que se me ha asignado a mano por parte del administrador. Es lo que les pasa a tus usuarios.
Por lo tanto te funciona bien la cosa, y lo estás haciendo perfectamente, pasándoles al siguiente nivel "automático" para sacarlos a la dinámica normal de ascensos por mensajes, para que cuando ya han alcanzado el número adecuado de post se puedan integrar en ese sistema.
Para que te sea un poco menos complicado, lo que podrías hacer es poner, como en algunos foros, un post como algo lúdico, una especie de aviso por ejemplo: "cuando llegues a 10 mensajes, postea aquí y pide tu nuevo nivel" o bien "manda un mensaje al moderador" y así la gente solita entraría a reportarse avisando de que ya tiene los mensajes adecuados para que los cambiéis, quitándoos al menos la necesidad de estar siempre vigilando a los usuarios.