El problema es el siguiente:
no pongas ; despues de los parametros de la funcion open y la confirm.
confirm("lo que sea" ; ) no es una sintaxis valida.
De todas maneras, al ser la llamada al popup implicita, la mayoria de navegadores con bloqueadores de popup o barra de google no lo van ha abrir directamente.

EL PROBLEMA QUE TENGO ES QUE COLOQUE EN MI INDEX UNA ALERTA JAVASCRIPT PARA PEDIR LOS VOTOS DE LOS VISITANTES, PERO CUANDO ACEPTAN SE BLOQUEA LA VENTANA EMERGENTE (POPUP)...HAY ALGUNA FORMA PARA QUE NO PASE ESTO???

SALU2...

Debes tener algún error en el javascript de ese popup... si quieres postea el código a ver si alguien te dice que puede ser.

Aki te pongo el codigo k tenia en mi pagina...

<script language="JavaScript"> function vote () {ttms=window.open("http://AKI DIRECCION DE LA PAGINA PARA VOTAR&quot;}function cancel () {}if (confirm("AKI MENSAJE PARA Q LO VEAN&quot) {vote();} else cancel() </script>