mi duda es, si se crea la web modular con el nombre index.php, entonces los link <a href="index.php?ver=articulos">articulos</a> hay q crear una pagina nueva , o escribes en una pagina pero con el espacio q no esta ocupado, no se si me entienden

Se hace con includes y tal...

Digamos un
if modulo=este
include (este.html);

Mas o menos... tendrías que ponerlo bien, pero sería asi.