A mi me pasó lo mismo y estuve casi una semana sin entender que sucedía. Finalmente, revisando la documentación de PHP y de configuración de servidores, me dí cuenta que eso sucede cuando el servidor esta en modo SAFE (si mal no recuerdo) y tu aplicación trata de acceder a archivos externos al servidor de una manera no permitida. Puntualmente, la aplicación que uso (una galería de imágenes) tiene dos formas de subir imágenes:

a) cargandola desde la misma máquina donde corre el cliente HTTP (browser), a través un botón tipo "Explorar..." (similar al que usan los webmails para subir attachments). Funciona correctamente, sin warnings.

b) cargandola desde un server externo, colocando la URL donde se localiza la imagen. Funciona, pero muestra un warning.

Creo que para el servidor cualquier archivo que no se encuentre en tu directorio raíz se considera externo. Tal vez puedas probar algún otro script que no sea ftp.

Saludos
MadMax