Que tal amigos tengo una duda espero me puedan ayudar..

quiero subir unos archivos creados con php pero lo que tengo son archivos y tengo carpetas con archivos dentro de esas carpetas,, ese no es el problema si no que cuando lo quiero subir a la direccion ftp sube los archivos y las carpetas pero sin contenido en esas carpetas, existe algun software que me permita mandar las dos cosas al mismo tiempo?

Gracias por la ayuda.

cuteftp
flashFTP
practicamente cualquier cliente FTP lo permite