Me gustaria saber como puedo subir mis archivos de la base de datos al servidor de mysql, ya que no lo puedo hacer por el ftp: mysql.webcindario.com.

Por supuesto que no vas a poder, datos a base de datos mysql no se sube por ftp, entra a http://mysql.webcindario.com entra con tu login y contraseña y accesas al administrador y metes las tablas

Ampliando la informacion...
una vez identificado en http://mysql.webcindario.com

Tienes una pestaña en la parte de la derecha que pone "SQL"

Ahi tienes un boton para subir tu base de datos...o bien para insertar el codigo sql.

Hola, gracias por la informacion. Lo que pasa es que estoy hablando de tablas que tienen mas de 700 registros, por ende no lo voy hacer uno por uno. La otra opcion es hacer un script pero la aplicacion de miarroba no me permite realizarlo que yo sepa, lo unico que se me permite hacer son consulta e insert pero con restricciones.

Divide el archivo en varios trozos.. es un poco laborioso pero da resultado... por experiencia propia...