Una pregunta tonta, ¿Se puede crear tablas y modificarlas con consultas desde mi PHP? ¿Asi usando alter table o create table?
  Es que lo he estado intentando pero no se si es fallo mio o que no se puede.

  Saludos!!

Si que se puede.

De hecho así se instala el phpBB

Pues por mas que intento la consulta para crear una tabla, no se que me falla...

$miconexion->consulta("CREATE TABLE Jugador (".
                          "id int(8) NOT NULL AUTO_INCREMENT PRIMARY KEY,".
                          "nombre varchar(40) NOT NULL,".
                          "email varchar(60),".
                          "password varchar(10) NOT NULL,".
                          "Ejercito varchar(40),".
                          "NInvestigadores int(3),".
                          "Reliquias int(3),".
                          "PuntosInvestigacion int(4),".
                          "PuntosVictoria int(4),".
                          "PuntosCarisma int(4),".
                          "PuntosRecursos int(4),".
                          "BonusSuerte int(3),".
                          "BonusInvestigacion int(3),".
                          "BonusRecursos int(3),".
                          "BonusSuerte int(3),".
                          "PAtaque int(3),".
                          "PDefensa int(3),".
                          "Nivel int(3),".
                          "PuntuacionTotal int(9),".
                          "ReliquiasEstudiadas int(3),".
                          "Oponentes varchar(1500),".
                          "PerfilInvestigador varchar(40),".
                          "PerfilInvMejorado varchar(40),".
                          "PEntrenamiento varchar(1500)".
                          " ;" ;


 Esta es mi consulta php para crear la tabla, pero no me da fallo ni me lo crea, ya que luego hago un show tables y no sale Alguien tiene alguna idea de porque??
 Un saludo y gracias!!

En estos casos lo mejor que puedes hacer es, poner la consulta en si en una variable, después imprimirla en pantalla, y cuando la tengas en pantalla copiar al phpmyadmin y ver que error te dice..