Estructuras directorios en el webftp

Hola, subirlos los subo pero no se como tienen que estar ordenados para que me funcionen las dos paginas que de momento tengo.
si meto todos los archivos de la primera pagina sin directorio ni nada,me carga bien ,ahora,el problema viene para meter la segunda pagina,no la puedo meter igual ya que contine archivos que se llaman igual y se sobreescriben con los de la pag 1.
Como seria la estrutura para subir 1 pagina de bienvenida con un hipervinculo de entrada y la segunda pagina en el webftp???
Las dos paginas en mi disco duro estan enlazadas localmente,uso DWMX2004 pero al subirlas al webftp he cambiado los hipervinculos por www.xxxxx.webcindario.com/index y www.xxxx.webcindario.com/index2

En mi disco duro si puedo ir de la pagina 1 a la 2 por el hipervinculo pero en la web no.
¿¿¿Hay que modificar el hipervinculo a la hora de subirlo ya que ya no estaran los archivos en mi disco duro ,si no en una direccion www.......?????