yo ese FTP no lo he usado nunka, pero supongo ke sera komo los demas... abres la karpeta lokal [usease la de tu PC] ke se vera en el programa, y en la otra ventana abres la karpeta remota [la de internet] donde kieres kolokar los artxivos... selekcionas todos los artxivos y los arrastras [sin soltar] de una karpeta a otra.

Si no ves las 2 ventanas, en herramientas, o en ventana o algo asi seguro ke puedes aktivar el explorador

¿Y como lo harías con el Explorador de Windows para seleccionar varios archivos?... pues igual, con el ratón o manteniendo presionado ctrl, exactamente igual.