No necesitas borrar

Al subirla te pedirá confirmación: "tal-archivo ya existe, ¿Desea Vd. reemplazarlo?"

(En la WebFtp de miarroba salía entonces este mensaje: " tal archivo actualizado"; pero sin pedirte confirmación)

Lo que sí debes guardar una copia (Back Up) en tu sitio local del archivo tal como estaba antes de reemplazarlo.
Si no funciona bien la nueva modificación puedes volver así a la versión anterior