Bueno, pues en el título está bien clara la duda no?

El caso es que quiero proteger algunos directorios, pero no me deja subir archivos .htaccess, supongo que será porque el servidor no es apache, pero quiero asegurarme de que tengo que implementar un registro a mano o al menos buscarme otro método.

Alguien me ayuda?

El servidor es Apache, pero no se pueden subir esos archivos. Busca otro método para proteger el acceso.