esque lo he visto en varios sitios y no acabo de entender que es

Pues depende del contexto... por ejemplo, en una lista de correo, foro, o cualquier otro modo de discutir sobre un tema, un thread puede ser un tema, un hilo de conversación.

Thread: Como a lo mejor sabrás, los mensajes contenidos en los newsgroups se llaman artículos. Y a lo mejor sabrás también que es posible enviar artículos en respuesta a otros artículos. El artículo original junto a todas las respuestas fornidas por otros constituye un thread, o sea, un hilo de mensajes unidos entre ellos.

Hilo (hilo de mensajes en una lista, o hilo de ejecución en un programa), hebra