mm... que version de D.O.S. tienes??? danos ese dato... asi te orientamos en forma mas precisa...
- Yo en tu lugar veria la forma de correr scandisk que es mejor que chkdsk...
- Quizas tienes algun volumen comprimido con algun servicio antiguo que venia en D.O.S. como superstor o algo asi... y por eso no te deja acceder a la unidad.
- Si tienes windows... inicia en solo simbolo de sistema y prueba desde el prompt del D.O.S.
- Si tienes D.O.S. prueba pulsando F5 cuando aparece el mensaje iniciando MS DOS... y prueba desde el prompt.

Te di todas las opciones porque no aclaras en forma precisa el S.O., version, y si hay un servicio de compresion activo.

C:\>chkdsk /?
Comprueba un disco y muestra un informe de estado.


CHKDSK [volumen[[ruta]archivo]]] [/F] [/V] [/R] [/X] [/I] [/C] [/L[:tamaño]]


  volumen         Especifica la letra de unidad (seguida por dos puntos),
                  el punto de montaje o el nombre de volumen.
  archivo         sólo para FAT/FAT32: especifica  los archivos donde comprobar
la fragmentación .
  /F              Corrige los errores del disco.
  /V              Para FAT/FAT32: muestra la ruta completa y el nombre de
                  cada archivo en el disco.
                  Para NTFS: muestra mensajes de limpieza si hay.
  /R              Encuentra sectores dañados y recupera la información
                  legible (implica /F).
  /L:tamaño       Sólo para NTFS: cambia el tamaño del archivo de registro
                  al número especificado de KB. Si no se especifica ningún
                  tamaño, muestra el tamaño actual.
  /X              Obliga al volumen a desmontarse previamente si es necesario.
                  Todos los identificadores abiertos al volumen no serán
                  válidos (implica /F).
  /I              Sólo para NTFS: realiza una comprobación menos
                  exhaustiva de entradas de índice.
  /C              Sólo NTFS: omite la comprobación de ciclos dentro de la
                  estructura de carpetas.

Los modificadores /I o /C reducen la cantidad de tiempo necesario para
ejecutar Chkdsk ya que omiten ciertas comprobaciones en el volumen.

disculpa la tardanza, no se si ya habras resuelto tu problema, apenas lo he visto pero en las opciones del mismo comandos viene la respuesta:

la opcion F encuentra los errores y se complementa con la opcion R

espero te sirva de ayuda

Nos vemos