Hay alguna manera de que pueda cambiar el código de la plantilla (para añadir un banner de afiliciacion por ejemplo al men&uacute, y conseguir que la plantilla me siga dejando modificarla con los menús del generador??

No... si metes manualmente mano a la plantilla el generador ya no la reconoce.

Leches...
Pues hay alguna manera de guardar la plantilla que tengo ahora (una que he hecho yo, pero no he cambiado el código), y ponerle un nombre y guardarlo en mis Plantillas personales.
Bueno, intentaré explicarme.
Imaginemos que tenemos un documento de Word. Pero quiero hacer pruebas con él y con lo que hay escrito, así que hago una copia de él, teniendo el Original y la Copia.
El Original lo tendré siempre guardado y no lo modificaré nunca, pues es la base. En cambio, la Copia será con la que siempre haga cambios y pruebas.
Hay alguna manera de guardar un Original y una Copia en mis Plantillas??

Puedes copiar la plantilla en tu ordenador, después hacer una nueva y copias el texto y la guardas como quieras...

Vale, lo he hecho.
Ahora tengo la plantilla del código en "Plantillas Personales", y cuando le clico para que se ponga en "Favoritas", no lo hace U_U...