¿Se puede proteger en MIARROBA un directorio y sus ficheros con clave y contraseña?

No se puede, es un servidor no linux, podrias crear un archivo de acceso, pero el servidor no lo interpreta es decir k no lo soporta.
Si es para guardar contraseñas del equipo en el directorio del servidor, no te lo aconsejo, un cracker entrará igual.
Saludos.