Hola, queria colocar un contador Nedstat en phpnuke,aparte del Mi@, el contador de nedstat lo quiero poner en la parte inferior, que archivo tengo que mofificar.

En tu theme, edita con el bloc de notas, theme.php y busca:
footmsg();

inserta una línea con el contador... tendras que meterla con un echo y después las " dentro de ese código se cambian por \"
Un ejemplo:
echo "<script src=\"script.js\"></script>";

Podrías ser más complicado, pero básicamente asi.

no me he enterao muy bien

Miras a ver que theme tienes.
Vas a la copia de tu web que tienes en tu pc.
Directorio themes, directorio del theme correspondiente.
Veras un archivo theme.php.
Le abres con el bloc de notas.
Buscas: footmsg();
E insertas una línea nueva:
echo ".....";
Donde los .... es el código que te hayan dado, cambiando los " por \", de es código.

y si agrego el codigo html en el footer.html del theme