Yo pienso que tiene que ser algo en la base de datos, que por algún "bug" (ya corregido) se generase un mensaje inexistente o algo por el estilo (en la bandeja de entrada cuenta un mensaje de más y encima lo marca como no leído).

Habría que ver en la base de datos si es un mensaje en blanco (no creo, porque algún valor sería 0 o "null" y aparecería "algo" en la bandeja de entrada) o simplemente en algún contador se ha sumado un mensaje de más.

Si fuera ésto último sería cuestión de reajustarlo contando el número de mensajes que realmente existen en la bandeja de entrada de cada usuario.

Correr un script semejante en la base de datos seguramente dejaría K.O. al servidor pero se podría hacer en varios días y a una hora con poco tráfico.

Espero que la idea sirva de algo y la próxima vez que tenga 1 mensaje sin leer sea cierto