En mi web tengo una ventana dentro de la pagina principal con javascript en la que quiero hacer que salga el contenido. El menú si es posible quiero ponerlo en la pagina principal, pero no se como poner el "target" para que me habrá las paginas dentro de esa ventana, alguien sabe como puedo hacerlo?

creo que es el target="_self" y para eso no es necesario javascript o al menos eso creo. De cualquier manera deja la dirección de tu sitio para ver si es eso lo que querias.

Saludos