Importancia mucha. Podrias tener un virus en el MBR, y por tanto antes de desisntalar nada, deberias tratarlo.
Un formateo del disco duro, afecta al disco duro, pero no al MBR.
Y ademas un formateo no elimina los datos del disco duro si no es un fomateo a bajo nivel.
Si quieres instalar el XP, borrando lo que tienes, siempre puedes instalar Ubuntu desde un LiveCD, que permite formatear el disco duro, y normalemente no falla.
Luego puedes asignarle una particion y dejar otra para windows, o bien luego puedes volver a formatear (cuando ya te ha dejado), con otro software para ello (recomiendo Hirem's).
Ademas hay diferentes herramientas correctoras del MBR, virus, formateo bajo nivel, etc. Una vez reformateado, instala XP, debe hacerlo sin problemas.
Por cierto el formateo a bajo nivel es largo....pero corrije tambien sectores defectuosos, salvo que el disco este dañado.
Si esta dañado, hay funciones para tratar de recuperarlos HDD Regenerator, pero si este ya no lo consigue, mas tarde o temprano ese disco se morira, salvo que hagas artimañas como, repetir operaciones, o aislar sectores defectuosos mediante una particion. Ello te daria tiempo.
Tengo un disco duro, que paso por esa misma situacion que tu indicas. Venia con Vista, formatee, e instale Windows 7. Se me infecto (si, si...a mi tambien me pasa), y me jodio el disco duro. No podia ni acceder a el. Finalmente, haciendo lo que comentaba antes, instale Linux (Ubuntu) en una particion y W7 en la otra, aisle los sectores defectuosos en la particion con Linux (y nunca han aumentado el numero de sectores defectuosos, no me falla), y asi llevo dos años.
Espero te sirva....
Recomendación: Paciencia